La chiesa di San Giovanni Battista a Signa sorse tra il VII e il IX secolo ai piedi della collina sulla cui sommità c'era il borgo fortificato di Signa. Nacque come suffraganea della vicina pieve di San Lorenzo, ma nel basso medioevo acquisì molta importanza in quanto i canonici della pieve si stabilirono presso questa chiesa fino a che sottrasse a San Lorenzo il titolo di pieve. A testimonianza di ciò al suo interno si conserva un forte battesimale del 1480 della scuola dei Da Maiano.
In origine la chiesa di San Giovanni Battista aveva un aspetto diverso: era a tre navate come oggi, ma era più piccola in quanto la navata centrale era l'attuale navata di destra. Successivamente nel Quattrocento fu costruita alla testata di quella che era la navata di sinistra una cappella atta ad accogliere le spoglie della beata Giovanna Gagliardi, signese e patrona di Signa, morta nel 1307. Il culto della beata divenne molto sentito e la chiesa ebbe modo di arricchirsi di opere d'arte, soprattutto affreschi eseguiti dalla bottega di Bicci di Lorenzo. Oggi gli affreschi sono frammentari, e poi ci sono del solito periodo due tabernacoli affrescati che probabilmente in origine si trovavano fuori dalla chiesa, uno raffigura san Zanobi in trono tra santa Lucia e santa Verdiana della bottega di Bicci di Lorenzo, se non proprio di sua mano, e uno con San Nicola di Bari in trono tra san Lorenzo e santo Stefano. Questo secondo tabernacolo è opera di un allievo di Bicci di Lorenzo, il cosiddetto Maestro di Signa che prende il nome dalle opere attribuite a lui che si trovano in questa chiesa, soprattutto gli affreschi che si trovano nella cappella della beata Giovanna che, con le recenti trasformazioni di inizio Novecento si è ritrovata a diventare la cappella al termine della navata maggiore: questi affreschi saranno il tema di un altro video.
In chiesa troviamo poi anche delle tele di Giovan Pietro Naldini e di Gian Domenico Ferretti, quest'ultimo uno dei maggiori pittori fiorentini del '700, questo per far capire che la chiesa legata al culto della beata Giovanna ha goduto nei secoli di attenzioni da parte dei committenti.