การทำสังคายนาพระธรรมวินัยครั้งแรก หรือปฐมสังคายนาเริ่มต้นขึ้น ณ กรุงราชคฤห์ หลังจากพระพุทธเจ้าเสด็จดับขันธปรินิพพานผ่านพ้นไปราว 3 เดือน โดยประกอบไปด้วยพระอรหันต์ 500 รูป ที่มีพระมหากัสสปะเป็นองค์ปุจฉา พระอุบาลีเป็นผู้ตอบในส่วนของพระวินัย ขณะที่พระอานนท์เป็นผู้ตอบในเรื่องพระสูตร
การสังคายนาคราวนั้น พระอานนท์ยังได้แจ้งต่อที่ประชุมสงฆ์ด้วยว่า เมื่อครั้งที่องค์พระสัมมาสัมพุทธเจ้าใกล้เสด็จดับขันธปรินิพพาน ที่เมืองกุสินารา พระองค์ทรงมีพุทธานุญาตให้เหล่าสงฆ์สามารถเพิกถอนสิกขาบทเล็กน้อยได้ เป็นจุดเริ่มต้นของความเห็นที่แตกต่างของเหล่าคณะสงฆ์ว่า สิกขาบทใดเป็นสิกขาบทเล็กน้อยกันแน่
ในที่สุดพระมหากัสสปะจึงได้ประกาศขอมติที่ประชุมที่จะไม่เพิกถอน และเพิ่มเติมสิกขาบทใด ๆ ที่พระพุทธเจ้าได้ทรงบัญญัติไว้แล้ว
เรื่องพุทธานุญาตให้สามารถเพิกถอนสิกขาบทเล็กน้อยได้นี้ ได้กลายมาเป็นประเด็น 1 ใน 5 เรื่อง ที่ทำให้พระอานนท์ถูกกล่าวโจทก์โทษอาบัติทุกกฎ ในที่ประชุมพระอรหันต์ทั้ง 499 รูป
ที่น่าสนใจคือ ในการกล่าวโทษพระอานนท์ครั้งนั้นมีความเกี่ยวข้องกับประเด็นสตรีอยู่มากที่สุดถึง 3 ประเด็น ได้แก่ การอนุญาตให้สตรีเข้าถวายบังคมพระสรีระของพระผู้มีพระภาคก่อน การปล่อยให้น้ำตาของสตรีร่วงหล่นลงบนพระสรีระของพระพุทธเจ้า และการขวนขวายให้สตรีเข้าบวชในพระพุทธศาสนาได้
ผศ.ดร.นพ.มโน เลาหวณิช หรืออดีตพระเมตตานันโทภิกขุ ผู้เขียน "เหตุเกิด พ.ศ.1" หนังสือต้องห้ามแห่งวงการพุทธศาสนา เชื่อว่าการปฐมสังคายนาทำให้ภิกษุณีเริ่มอ่อนแรงลง รวมทั้งเงื่อนไขต่าง ๆ เกี่ยวกับการบวชภิกษุณีเกิดขึ้นภายหลังการกำเนิดขึ้นภิกษุณีสงฆ์ และหลังการพุทธปรินิพพานไปแล้ว ซึ่งมีความเป็นไปได้ว่า ถูกแต่งเติมขึ้นเมื่อครั้งการทำปฐมสังคายนา
เมื่อการปฐมสังคายนาเสร็จสิ้นลง อันนับเป็นจุดเริ่มต้นของพุทธศาสนาเถรวาท แต่ทว่าสัญญาณแห่งการขัดแย้งทางความคิดก็เริ่มปรากฏเค้าลางขึ้นพร้อม ๆ กัน เมื่อพระปุราณะพร้อมด้วยสงฆ์ 500 รูป จากทักขิณาคีรีชนบททางตอนใต้ เดินทางมาถึงเวฬุวันวิหารในเขตกรุงราชคฤห์ และได้รับแจ้งจากบรรดาเหล่าพระเถระว่า
บัดนี้การทำปฐมสังคายนาได้เสร็จสิ้นแล้ว ขอให้ยึดถือตามที่ได้มีการสังคายนากันมา แต่ทว่าได้รับการปฏิเสธจากพระปุราณะที่ยืนยันจะยึดถือตามคำสอนของพระพุทธเจ้าเฉพาะตามที่ได้ยินได้ฟังมาเท่านั้น
ราว 100 ปี ต่อมา ประเด็นความขัดแย้งเรื่องข้อวินัยปฎิบัติครั้งสำคัญก็ได้เกิดขึ้นที่แคว้นวัชชี
ขณะนั้นมีภิกษุกลุ่มใหญ่ต่างยึดถือแนวปฏิบัติที่ขัดแย้งต่อพระธรรมวินัย 10 ประการที่มีมาแต่เดิม จนนำมาสู่เหตุการณ์สังคายนาครั้งที่ 2 โดยพระสงฆ์ 700 รูป และมีการกล่าวโทษรวมทั้งชำระความผิดของบรรดาภิกษุที่ละเมิดวินัย
คัมภีร์ทีปวงศ์และพระอรรถกถาวัตถุ เขียนขึ้นราวพุทธศตวรรษที่ 9-10 ในลังกา กล่าวถึงเหตุการณ์ในคราวนั้นว่า ภิกษุที่ถูกกล่าวโทษจำนวนมากได้รวมตัวกัน 10,000 รูป แยกไปทําสังคายนากันเองเมืองกุสุมปุระ เรียกว่า “มหาสังคีติ” หรือ การสังคายนาครั้งใหญ่
นับแต่นั้นเป็นต้นมา พุทธศาสนาก็แตกออกเป็น 2 นิกาย คือนิกายของสงฆ์กลุ่มใหญ่ เรียกว่า “มหาสังฆิกะ” และนิกาย "สถวีรวาท หรือเถรวาท" อันหมายถึง ถ้อยคำของพระเถระ ซึ่งยึดถือตามมติเดิมที่ทำมาตั้งแต่ครั้งปฐมสังคายนา
เรื่องราวของพุทธศาสนายังคงดำเนินต่อไป ซึ่งไม่นานนัก นิกาย “มหาสังฆิกะ” ก็ได้แตกออกเป็น 5 นิกาย ขณะที่มีอีก 11 นิกายแยกตัวออกไปจากเถรวาท เรียกว่า "พุทธฝ่ายอาจริยวาท"
ในช่วงระยะเพียงราว 200 ปี หลังพระพุทธเจ้าเสด็จดับขันธปรินิพาน ขณะนั้นพุทธศาสนาได้เกิดสำนักต่าง ๆ ขึ้นมากถึง 18 นิกาย
พุทธศาสนายังคงมีพัฒนาการและดำรงอยู่ในอินเดียต่อมาอีกยาวนานนับพันปี ท่ามกลางการเกิดขึ้นของนิกายใหม่ ๆ เช่น พุทธศาสนาฝ่ายมหายาน และพุทธศาสนาแบบตันตระ
อย่างไรก็ตาม จากปัจจัยภายในและภายนอกทำให้พุทธศาสนาเริ่มอ่อนแรงลง จนกระทั่งในราวพุทธศตวรรษที่ 17 ก็สูญสิ้นไปจากอินเดีย