ნეკრესის ეპარქია საკმაოდ ძლიერი ფეოდალური ერთეული იყო და მნიშვნელოვან როლს ასრულებდა კახეთის სამხედრო-პოლიტიკურ, თუ სასულიერო-საეკლესიო ცხოვრებაში. განსაკუთრებით ნაყოფიერია ნეკრესელ მღვდელმთავართა მოღვაწეობა XVIII ს-ის 40-იანი წლებიდან ეპარქიის გაუქმებამდე.
ვახტანგ გორგასლის მეფობის პერიოდში ჩამოყალიბდა ნეკრესის ეპარქია, რომლის ცენტრალური რეზიდენცია კათედრალურ ტაძართან ერთად ქალაქ ნეკრესის ტერიტორიაზე მდებარეობდა. ნეკრესის ისტორიული მნიშვნელობა რამდენიმე ფაქტორით განისაზცღვრება: ერთის მხრივ სწორედ აქ იქნა აგებული ერთ-ერთი პირველი ქრისტიანული სამლოცველო საქართველოს ტერიტორიაზე (IV ს-ის III მეოთხედში); მეორე მხრივ კი, უკვე VI ს-ის II ნახევარში აქ დიდად მნიშვნელოვანი კულტურული კერა ჩნდება. ეს მოვლენა დაკავშირებულია იოანე ზედაზნელის თანამოღვაწის, აბიბოსის სახელთან, რომელიც ნეკრესის მღვდელმთავრად აკურთხეს. აბიბოსი ერთი იმ "ასურელი მამათაგანია", რომლებიც VI ს-ის შუა წლებში ჩამოვიდნენ საქართველოში ქრისტიანობის საქადაგებლად და რომელთა თაოსნობით აღმოსავლეთ საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში მრავალი სავანე დაფუძნდა.
ნეკრესის მონასტერი, რომელიც საუკუნეების განმავლობაში ქართული ბერმონაზვნობის უმნიშვნელოვანეს კერას და ქრისტიანული კულტურის ერთ-ერთ მთავარ ცენტრს წარმოადგენდა, არა ერთხელ დაურბევია მტერს. მონასტერმა განიცადა არაბთა და მონღოლთა, ასევე თემურლენგის გამანადგურებელი ლაშქრობების სიმწარე. მოგვიანრბით მონასტერს თავს ესხმოდნენ ლეკები. ეს დიდი და მნიშვნელოვანი სასულიერო-საგანმანათლებლო, კერა საინტერესოა პირველ რიგში იმ უნიკალური და მხატვრული თვალსაზრისით ფრიად მნიშვნელოვანი არქიტექტურული ძეგლების წყალობით, რომლებიც მრავლადაა შემორჩენილი მონასტრის ტერიტორიაზე.
ნეკრესის მონასტერში მშენებლობის დაწყება დაკავშირებულია საქართველოში ქრისტიანობის მიღებისა და მისი სახელმწიფო რელიგიად აღიარების პირველივე წლებთან. სწორედ ამ პერიოდში, კომპლექსის ცენტრში, ააგეს მცირე ზომის მინიატურული სამლოცველო. თუმცა იგი სიმცირის, მრავალი გადაკეთებისა და თავისი უჩვეულო სილუეტის წყალობით მოკლებულია იმ იმპოზანტურობასა და მომხიბვლელობას, რომელიც შემატა მონასტერს შემდგომმა განაშენიანებამ, მისი მნიშვნელობა უდაოა. უპირველეს ყოვლისა იგი თავისთავად მთელი მომდევნო განაშენიანების საწყისს, ბირთვს წარმოადგენს და სწორედ მისგან წარიმართა სხვადასხვა მიმართულებით მონასტრის შემდგომი ზრდა.
ნეკრესის სამონასტრო კომპლექსი ქრისტიანული ხუროთმოძღვრების რამდენიმე მნიშვნელოვან ძეგლს აერთიანებს. ესენია: მცირე ზომის სამლოცველო, რომელსაც მეცნიერთა ერთი ნაწილი IV ს-ს მიაკუთვნებს, მეორე ნაწილი კი VI ს-ით....
განაშენიანების მეორე ეტაპი მონასტერში ქართული ქრისტიანული ხუროთმოძღვრების პირველ აღმავლობას ემთხვევა VI-VII საუკუნეების მიჯნაზე, მცირე სამლოცველოს აღმოსავლეთით აგებულ იქნა მონასტრის მთავარი ტაძარი. ინარჩუნებს რა გარედან ბაზილიკურ სილუეტს, იგი ინტერიერში განსხვავებულია: თითოეული ნავი ყრუ კედლით არის გამოყოფლი და დამოუკიდებელი "ეკლესიის" სახეს იღებს. ამ ორიგინალური ტიპის წარმოშობა დაკავშირებული იყო დღის განმავლობაში რამოდენიმე წირვის გადახდის საჭიროებასთან, რაც წესისამებრ ცალკე საკურთხეველს ითხოვდა.
VI ს-ში აგებული ღვთისმშობლის მიძინების სამეკლესიანი ბაზილიკა ნეკრესის სამონასტრო კომპლექსის მთავარი ტაძარია. ეს ეკლესიაა აბიბოს ნეკრესელისა და მისი მოწაფეების მიერ დაარსებული. აქვეა XV-XVI სს-ის წმ გიორგის მცირე ზომის სამლოცველო.
მონასტერში მშენებლობა აქტიურად მიმდინარეობდაVIII-IX საუკუნეებში, ქართული ხუროთმოძღვრების განვითარების გარდამავალ პერიოდში. ამ დროს კომპლექსს ჩრდილო-დასავლეთიდან დაემატა კიდევ ერთი ტაძარი. ეს არის გუმბათიანი ეკლესია, რომლის კომპოზიციაში სამეკლესიანი ბაზილიკის ელემენტები გამოყენებული. ეკლესია თითქოს სხვადასხვა ნაწილებისაგან არის შედგენილი. მშენებლობის თვალსაზრისითაც ეს ნაწილები მიშენებულია ერთმანეთთან. საყურადღებოა, რომ ჩრდილოეთის ეკლესია სრულიად გაუნათებელია და ბნელი, ვიწრო დერეფნის შთაბეჭდილებას ტოვებს, არსებობს მოსაზრება, რომ ეკლესიის ეს ნაწილი დაკრძალვამდე ბერების ცხედართა დასასვენებლად იყო განკუთვნილი.
ნეკრესში არის ყველა მართმადიდებლური ეკლესიისგან გამოჩეული წესი, საქართველოში მხოლოდ აქ არის ნებადართული, ღორის დაკვლა. ლეგენდის თანახმად, ნეკრესში ლეკების ერთერთი შემოსევისას, მოსახლეობას ღორები დაუკლიათ და მისი სისხლი გადმოუსხიათ და ხორციც გადმოუყრიათ ნეკრესის ციხიდან. ცნობილია, რომ მუსულმანები ღორს არ ეკარებიან, ციხის გარშემო კი ყველგან ღორის ხორცი იყო მიმოფანტული. ამის გამო, მტერს ალყა მოუხსნია და უკან დაუხევია. ასე გადარჩა ციხე-მონასტერი აოხრებას. მას შემდეგ ნეკრესში,”ღორის შეწირვა” ჩვეულებად იქცა.