同治年間的重修慈祐宮碑記載此廟為為雍正七年（1729年）動工興建，原名為「新莊天后宮」，因有碑文為證，一般創立時間為此版本。也有說是康熙廿五年（1686年）。廟身坐落在新莊廟街，面對新莊港渡口，但港渡口後已無運輸功能。今廟址乃新莊路218號，屬榮和里。乾隆十三年（1748年）因火災被毀，直到乾隆十八年（1753年）重修，廟後加設水池，並改名為「慈祐宮」。開山祖師為「臨濟正宗三十八世上志下修懷公和尚」。
嘉慶年間雕刻的石獅子
嘉慶十八年（1813年），艋舺縣丞曹汝霖倡修，完工後在宮右側獨立建新莊文昌祠。1927年整修是由陳應彬主持。1980年代，政府興建新莊地區堤防，擋住此廟與大漢溪間的視野，被地方人士認為擋住媽祖的眼界，影響風水與交通，屢次要求在廟正前方興建水門橫移門，以讓地方興盛。1994年左右，廟方委請建築師楊仁江，將原以瓷磚裝飾的壁堵全數改回傳統的泥牆及雕刻，預計花費新台幣二千萬。2010年，政府耗資經費新台幣三千多萬元的利濟街堤防水門橫移門完工，於同年3月15日下午舉行啟用典禮，廟前可再度望見大漢溪。
2015年5月2日，廟方舉行文物館落成啟用儀式與舉行宮誌發表，新北市副市長侯友宜、立法委員吳秉叡、新北市議會議員黃林玲玲、新莊區區長李政勳、慈祐宮主委陳圓光等出席參與。管委會表示創建共經歷九次大型整修，留下每時代不同的建築裝飾風格，及珍貴的文獻資料，擔心文物會隨時間漸漸損壞，因此有了編輯宮誌與設立文物館的想法。