Το υδροθεραπευτήριο των Λουτρών Υπάτης διαθέτει 59 λουτήρες ατομικούς, μία ιαματική πισίνα, μεγάλες αίθουσες αναμονής, ιατρείο, γραφεία, κυλικείο, πλυντήρια και μηχανοστάσιο με σύγχρονες υδραυλικές εγκαταστάσεις για τη μεταφορά και διοχέτευση του ιαματικού νερού από την πηγή στους λουτήρες και στη συνέχεια αποχέτευση αυτού διαμέσου του υδραύλακα. Υπάρχουν κατηγορίες λουτρών όπως η Β΄, η Α΄ και τα λουτρά πολυτελείας. Το χρηματικό αντίτιμο του λουτρού είναι διαφορετικό σε κάθε κατηγορία.
Το δωμάτιο όπου λαμβάνονται τα λουτρά περιλαμβάνει το λουτήρα ο οποίος είναι βυθισμένος 0,70 μ. κάτω από την επιφάνεια του εδάφους με μια μικρή σκάλα για να κατεβαίνει ο λουόμενος μηχανικό σύστημα ανανέωσης του αέρα λόγω της συγκέντρωσης αερίων διοξειδίου του άνθρακα και υδρόθειου στο χώρο, σύστημα καθαρισμού του λουτήρα πριν και μετά το λουτρό με εκτοξευόμενο νερό θερμοκρασίας 80 ο C.
Το ιαματικό νερό είναι συνεχούς ροής και υπάρχει οπή αποχέτευσης για τον έλεγχο της στάθμης του στο λουτήρα. Στα λουτρά πολυτελείας υπάρχουν συνεχόμενα προς τους λουτήρες δωμάτια ανάπαυσης των λουομένων και κυρίως για αυτούς που έχουν κυκλοφορικά προβλήματα.
Πλησίον του υδροθεραπευτηρίου βρίσκεται εγκατεστημένη η ιαματική πισινά, το νερό της οποίας έρχεται απευθείας από την πηγή και ανακυκλώνεται συνεχώς, ενώ αδειάζει και απολυμαίνεται σε καθημερινή βάση. Περιμετρικά υπάρχουν υπερυψωμένοι εκτοξευτήρες νερού με σκοπό την ανακούφιση της πλάτης και του σβέρκου.